Bioinformaatika õppetoolis kaitstud üliõpilaste lõputööd
Doktoritööd
Mikk Puustusmaa - On the origin of papillomavirus proteins (Juh. Aare Abroi ja M. Remm), 2019
Märt Roosaare – K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (Juh. M. Remm), 2018
Priit Palta – Computational methods for DNA copy number detection. (Juh. M. Remm), 2015
Silja Laht – Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices. (Juh. M. Remm), 2015
Lauris Kaplinski - The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and microarray optimization. (Juh. M. Remm), 2013
Tõnu Margus - Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2013
Triinu Kõressaar – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species. (Juh. M. Remm), 2012
Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation. (Juh. M.Remm ja T.Tenson), 2009
Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes. (Juh. M. Remm), 2008
Reedik Mägi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Juh. M. Remm), 2007
Magistritööd (3+2)
Siimo Kangruoja - Geneetiliselt muundatud taimede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kasutades kindla pikkusega k-meere. Juhendaja: Kairi Raime, 2020
Aneth Lvovs - Endogeensete viiruslike elementide tuvastamine parameetriliste meetoditega bornaviiruse sarnaste elementide näitel. Juhendaja: Aare Abroi, Heleri Kirsip, 2019
Erki Aun - K-meeridel põhinev antibiootikumiresistentsuse markerite tuvastamine bakteris Pseudomonas aeruginosa. Juhendaja: Age Brauer, 2017
Kaarel Koitne – Stabiilsete k-meeride hulga valimine mitteinvasiivseks sünnieelseks testimiseks. (Juh. L. Kaplinski), 2016
Mihkel Vaher – Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil. (Juh. M. Roosaare), 2016
Fanny-Dhelia Pajuste – A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data. (Juh. M. Remm), 2015
Maarja Lepamets – PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse. (Juh. L. Kaplinski), 2015
Mikk Puustusmaa - Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico. (Juh. A. Abroi, M. Remm), 2014
Märt Roosaare - Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors. (Juh. M. Remm), 2014
Viktorija Kukuškina – Mereteo Conus consors geenide arvu ja struktuuri ennustamine bioinformaatiliste meetoditega. (Juh. L. Kaplinski), 2013
Andres Veidenberg – DNA koopiaarvu määramine ja koopiaarvu muutuste pärandumise uurimine genotüpiseerimiskiipide andmete põhjal. (Juh. P. Palta), 2009
Magistritööd (4+2)
Taavi Võsumaa -Metoodika resekveneerimisproovide kvaliteedi ennustamiseks. (Juh. M. Remm), 2008
Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Juh. P. Peterson ja T. Margus), 2008
Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Juh. M. Remm), 2007
Kessy Abarenkov – Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2006
Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides. (Juh. M. Remm), 2006
Triinu Kõressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Juh. M. Remm), 2006
Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Juh. M. Remm), 2002
Bakalaureusetööd (3+2)
Andrea Jõesaar - Spetsiifiliste k-meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseks. Juh. Reidar Andreson, 2020.
Kristina Kasvandik - K-meeridel põhinevad meetodid ja nende kasutamine kordusjärjestuste maskeerimisel. Juhendaja Reidar Andreson, 2019.
Carmen Oroperv - Katvust mõjutavate parameetrite hindamine. Juh. Fanny-Dhelia Pajuste, 2019.
Marlen Timm - Inimese eksoomis leiduvate valgujärjestust muutvate teadaolevate SNVde võimalik tuvastamine ja genotüübi määramine sekveneerimisandmetest k-meeride abil. Juh. Age Brauer, 2018
Sylvia Krupp - Inimese genoomi suuruse määramine k-meer metoodikaga. Juh. Tarmo Puurand, 2018.
Brigitta-Robin Raudne - Erinevate töövoogude analüüs viiruste tuvastamisel. Juh. M.Puustusmaa ja M.Vaher, 2018.
Karl Erss - Telomeeride keskmise pikkuse hindamine teise generatsiooni sekveneerimisandmetest. Juh. T.Puurand, 2017.
Anna Smertina – Inimgenoomi ühenukleotiidsete variatsioonide annotatsioon – ülevaade põhimõtetest ning teise põlvkonna sekveneerimise võimalike artefaktsete SNVde annoteerimine. Juh. U.Gerst Talas, 2016
Madis Sarapuu – Inimese Per3 geeni tandeemse korduse koopiaarvu määramine teise põlvkonna sekveneerimisandmetest. Juh. T. Puurand, M.Teder-Laving, 2016
Triin Edula - Raamjärjestamise programmide võrdlus eelnevalt kokkupandud genoomijärjestuste alusel. Juh. R. Andreson, 2014
Maarja Lepamets - Oligomeeridel põhinevate bioinformaatiliste meetodite kasutamine bakterite määramiseks sekveneerimislugemitest. Juh. L. Kaplinski, 2014
Maarja Lepamets - Conus consors’i konopeptiidide geene ümbritsevate kordusjärjestuste statistiline analüüs. Juh. M. Remm, M. Möls, 2013
Kairit Kolsar – Katteseemnetaimede sekveneerimisprojektid ja genoomiduplikatsioonid taimede evolutsioonis. Juh. T. Puurand, 2011
Signe Kalamees – Mehepoolse viljatusega seotud geneetiliste markerite otsimine. Juh. T. Puurand, 2007
Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. Juh. R. Anderson, 2005
Heiko Kase – Markerite valiku metoodika assotsiatsioonianalüüsiks. Juh. R. Mägi, 2005
Taavi Võsumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. Juh. M. Remm, 2004
Bakalaureusetööd (4+2)
Aleksander Sudakov – Genoomi signatuuri meetodi rakendamine horisontaalse geeniülekande detekteerimiseks. (Juh. T. Margus), 2006
Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Juh. M. Remm), 2006
Meelis Olev – Erinevate PCR praimerite grupeerimise efektiivsus. (Juh. L. Kaplinski), 2005
Helle Uibokand – Automatiseeritud PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine. (Juh. T. Margus), 2005
Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks. (Juh. M. Remm), 2005
Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele. (Juh. M. Remm), 2004
Age Tats – Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2004
Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2004
Triinu Kõressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks. (Juh. M. Remm), 2004