Üliõpilaste uurimisteemad

TEADUSLIKUD UURIMISTEEMAD BIOINFORMAATIKA UURIMISGRUPIS

Bioinformaatika uurimisgrupis on üliõpilastel võimalik teadustöös osaleda mitmesugustes erinevates projektides erinevatel tasemetel (3+2 lõputööd, magistriõpe, doktoriõpe). Allpool on loetletud mõned teemad, millega on üliõpilastel ja kraadiõppuritel võimalik liituda. Lubatud on ka täiesti oma uurimisteemaga töö alustamine. Huvi korral pöörduge vastava projekti läbiviija või uurimisgrupi juhi poole.


MIKROKIIPIDE JA PRAIMERITE DISAIN NING KIIPIDE ANALÜÜSI TARKVARA

Pealkiri: PCRi modelleerimine eukarüootses genoomi amplifitseerimiseks ja maskeerimiseks
Teostaja: Reidar Andreson
Kirjeldus: Erinevate praimerite seondumissaitide modelleerimise meetodite võrdlus. Uute meetodite loomine seostumissaitide modelleerimiseks (e-PCR’iks). Maskeerimistarkvara loomine ja täiustamine.

Pealkiri: DNA testide loomine toiduallergeenide detekteerimiseks
Teostaja: Kairi Raime
Kirjeldus: Otsime praimereid ca 30 erineva toiduainetes esineva allergeense liigi DNA detekteerimiseks. Töö käigus on vaja leida liikide määramiseks sobivad genoomi järjestused, leida PCRi praimerid, mis neid liike eristaksid teistest toidus esinevatest liikidest ning PCRi abil testida millised disainitud praimeripaaridest oleks reaalselt toiduainete uurimisel kasutatavad.

Pealkiri: Bakteriaalsete genoomide assambleerimine
Teostaja: Triinu Kõressaar, Age Brauer
Kirjeldus: Katsetame erinevaid meetodeid bakteriaalsete genoomide kokkupanemiseks teise põlvkonna sekveneerimise andmetest ning genoomidest resistentsusgeenide leidmiseks.


PERSONAALNE GENOOMIKA

Pealkiri: Inimese personaalse genoomi andmete analüüs
Teostaja: Ulvi Gerst Talas
Töö kirjeldus: Teise põlvkonna sekveneerimistehnoloogiad toodavad massiliselt järjestuse andmeid. Nende kokkupanemine ja mõtestamine on loominguline töö, mis vajab teadmisi nii informaatikas, statistikas kui geenitehnoloogias. Loome tarkvaralisi filtreid, mis maskeeriksid genoomi analüüsi käigus välja vähem usaldusväärsed piirkonnad ning võimaldaksid seeläbi tõsta genoomi varieeruvuse uuringute kvaliteeti.

Pealkiri: Alu-elementide genoomi järjestustest leidmise metoodika
Teostaja: Tarmo Puurand, Fanny-Dhelia Pajuste
Töö kirjeldus: Teise põlvkonna sekveneerimise meetodid toodavad palju väikeseid järjestuse tükikesi. Küllalt raske on nende tükikeste abil leida millises positsioonis uuritava inimese genoomis võis olla Alu-kordus ja millises mitte. Töö käigus tuleb arendada tarkvara mis suudaks Alu-kordusi genoomi järjestustest leida kiiresti ja usaldusväärselt.