Doktoritööd
Liina Kuus
Fanny-Dhelia Pajuste
Tarmo Puurand, 2025. Human genome studies with k-mer frequencies (juh. Maido Remm ja Lauris Kaplinski).
Kairi Raime, 2020. The identification of plant DNA in metagenomic samples (juh. Maido Remm).
Mikk Puustusmaa, 2019. On the origin of papillomavirus proteins (juh. Aare Abroi ja Maido Remm).
Märt Roosaare, 2018. K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (juh. Maido Remm).
Priit Palta, 2015. Computational methods for DNA copy number detection (juh. Maido Remm).
Silja Laht, 2015. Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices (juh. Maido Remm).
Lauris Kaplinski, 2013. The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and microarray optimization (juh. Maido Remm).
Tõnu Margus, 2013. Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system (juh. Tanel Tenson ja Maido Remm).
Triinu Kõressaar, 2012. Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species (juh. Maido Remm).
Age Brauer [Tats], 2009. Sequence motifs influencing the efficiency of translation (juh. Maido Remm ja Tanel Tenson).
Reidar Andreson, 2008. Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes (juh. Maido Remm).
Reedik Mägi, 2007. The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations (juh. Maido Remm).
Magistritööd (3+2)
Karita Helde, 2025. Karbapeneemresistentsuse ennustustäpsuse võrdlus Klebsiella pneumoniae isolaatidel kolme bioinformaatilise tööriistaga: PhenotypeSeeker, ResFinder, Kleborate (juh. Maido Remm ja Taavi Riit).
Anette Stražev, 2025. Kõrge läbilaskevõimega sekveneerimise rakendamine viiruste tuvastamiseks Eesti seemnekartulis ja kartuli Y-viiruse tüvede identifitseerimine bioinformaatiliste meetoditega (juh. Piret van der Sman ja Tarmo Puurand).
Martin Metsoja, 2024. Development of a multi-platform metabarcoding bioinformatics software with an easy-to-use graphical user interface (juh. Sten Aslan, Leho Tedersoo ja Maido Remm).
Susanna Janno, 2023. Antimikroobse resistentsuse määramine simuleeritud Illumina ja Nanopore sekveneerimisandmetest kasutades PhenotypeSeeker tarkvara (juh. Maido Remm, Age Brauer ja Reidar Andreson).
Roman Muzõtšin, 2022. Kogugenoomi sekveneerimisandmetest antimikroobse tundlikkuse määramise potentsiaal kliinilises praktikas K. pneumoniae näitel (juh. Paul Naaber ja Erki Aun).
Andrea Jõesaar, 2022. Mikrobioomi amplikoni sekveneerimisandmete töötlemise metoodika ja analüüs (juh. Reidar Andreson, Maido Remm ja Mirjam Vallas).
Kadri Maal, 2021. Tsütokroom P450 2C19 deletsioonide esinemine Eesti populatsioonis (juh. Lili Milani ja Tarmo Puurand).
Siimo Kangruoja, 2020. Geneetiliselt muundatud taimede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kasutades kindla pikkusega k-meere (juh. Kairi Raime).
Aneth Lvovs, 2019. Endogeensete viiruslike elementide tuvastamine parameetriliste meetoditega bornaviiruse sarnaste elementide näitel (juh. Aare Abroi ja Heleri Kirsip).
Erki Aun, 2017. K-meeridel põhinev antibiootikumiresistentsuse markerite tuvastamine bakteris Pseudomonas aeruginosa (juh. Age Brauer).
Kaarel Koitne, 2016. Stabiilsete k-meeride hulga valimine mitteinvasiivseks sünnieelseks testimiseks (juh. Lauris Kaplinski).
Mihkel Vaher, 2016. Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil (juh. Märt Roosaare).
Fanny-Dhelia Pajuste, 2015. A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data (juh. Maido Remm).
Kairi Raime, 2015. Taksoni-spetsiifiliste praimerite disaini metoodika arendus ning selle rakendamine allergeensete taimeliikide tuvastamisel (juh. Maido Remm ja Triinu Kõressaar).
Maarja Lepamets, 2015. PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse (juh. Lauris Kaplinski).
Mikk Puustusmaa, 2014. Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico (juh. Aare Abroi ja Maido Remm).
Märt Roosaare, 2014. Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors (juh. Maido Remm).
Viktorija Kukuškina, 2013. Mereteo Conus consors geenide arvu ja struktuuri ennustamine bioinformaatiliste meetoditega (juh. Lauris Kaplinski).
Andres Veidenberg, 2009. DNA koopiaarvu määramine ja koopiaarvu muutuste pärandumise uurimine genotüpiseerimiskiipide andmete põhjal (juh. Priit Palta).
Magistritööd (4+2)
Taavi Võsumaa, 2008. Metoodika resekveneerimisproovide kvaliteedi ennustamiseks (juh. Maido Remm).
Rainis Venta, 2008. Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs (juh. Pärt Peterson ja Tõnu Margus).
Priit Palta, 2007. Statistical methods for DNA copy-number detection (juh. Maido Remm).
Kessy Abarenkov, 2006. Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös (juh. Urmas Kõljalg ja Maido Remm).
Age Brauer [Tats], 2006. Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides (juh. Maido Remm ja Tanel Tenson).
Triinu Kõressaar, 2006. Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest (juh. Maido Remm).
Reidar Andreson, 2002. Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks (juh. Maido Remm).
Bakalaureusetööd
Aleksander Roosimaa, 2025. GenePointer – A Software for Automated Identification of Resistance Markers in Bacterial Genomes (juh. Maido Remm ja Erki Aun).
Annaliisa Vask, 2025. Meeproovide metagenoomne analüüs mesilasperede RNA-viiruste seireks: uudse meetodi väljatöötamine (juh. Kairi Raime).
Carmen Beljajev, 2025. Kromosoomipõhise k-meer sageduse ja tsentromeeri pikkuse vahelise korrelatsiooni leidmine (juh. Tarmo Puurand).
Caroline Lehes, 2025. Tehisintellektil põhinev valgu kolmemõõtmelise struktuuri ennustamise tarkvara AlphaFold2 (juh. Maido Remm).
Heleri Savolainen, 2025. Antimikroobse resistentsuse tuvastamine ja ennustamine Illumina sekveneerimisandmetest (juh. Reidar Andreson).
Katariina Ilmoja, 2025. Inimese 15. kromosoomi tsentromeeripuu konstrueerimine inimese pangenoomi versioon I indiviidide põhjal (juh. Tarmo Puurand).
Kaur Reidma, 2025. Antibiootikumiresistentsuse ja mikroobikoosluse uurimine Eesti mahe- ja intensiivpõllumajanduse muldades (juh. Reidar Andreson ja Liina Kuus).
Kethel Monso, 2025. Eestis isoleeritud Klebsiella pneumoniae kliiniliste tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamine sekveneerimisandmetest programmiga DeepARG (juh. Age Brauer).
Leiki-Maria Arroval, 2025. Taksonoomiliste profiilide visualiseerimine (juh. Maido Remm).
Marten Rikberg, 2025. Putukate taksonoomiline klassifitseerimine erinevate andmebaaside abil (juh. Maido Remm).
Sander Arna, 2025. Bioinformaatiliste tööriistade ResFinder ja RGI võrdlus Eestis isoleeritud kliiniliste Escherichia coli tüvede antibiootikumiresistentsuse tuvastamisel (juh. Age Brauer).
Pilleriin Paidla, 2023. Patogeensete mikroorganismide tuvastamine rakuvabast DNA-st (juh. Maido Remm).
Marii Telliskivi, 2022. Antimikroobse resistentsuse detekteerimine reoveeproovidest (juh. Maido Remm).
Kristi-Rebeka Tiits, 2022. Viiruste detekteerimine reoveeproovidest (juh. Maido Remm).
Marina Sivakova, 2021. Developing methods for detecting virulence and chemical resistance-related genes of Listeria monocytogenes (juh. Reidar Andreson).
Daria Kholodniuk, 2021. Utilizing the Knowledge of the Completely Assembled Human Chromosomes X and 8 (juh. Reidar Andreson).
Andrea Jõesaar, 2020. Spetsiifiliste k-meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseks (juh. Reidar Andreson).
Kristina Kasvandik, 2019. K-meeridel põhinevad meetodid ja nende kasutamine kordusjärjestuste maskeerimisel (juh. Reidar Andreson).
Carmen Oroperv, 2019. Katvust mõjutavate parameetrite hindamine (juh. Fanny-Dhelia Pajuste).
Marlen Timm, 2018. Inimese eksoomis leiduvate valgujärjestust muutvate teadaolevate SNVde võimalik tuvastamine ja genotüübi määramine sekveneerimisandmetest k-meeride abil (juh. Age Brauer).
Sylvia Krupp, 2018. Inimese genoomi suuruse määramine k-meer metoodikaga (juh. Tarmo Puurand).
Brigitta-Robin Raudne, 2018. Erinevate töövoogude analüüs viiruste tuvastamisel (juh. Mikk Puustusmaa ja Mihkel Vaher).
Karl Erss, 2017. Telomeeride keskmise pikkuse hindamine teise generatsiooni sekveneerimisandmetest (juh. Tarmo Puurand).
Anna Smertina, 2016. Inimgenoomi ühenukleotiidsete variatsioonide annotatsioon – ülevaade põhimõtetest ning teise põlvkonna sekveneerimise võimalike artefaktsete SNVde annoteerimine (juh. Ulvi Gerst Talas).
Madis Sarapuu, 2016. Inimese Per3 geeni tandeemse korduse koopiaarvu määramine teise põlvkonna sekveneerimisandmetest (juh. Tarmo Puurand ja Maris Teder-Laving).
Triin Edula, 2014. Raamjärjestamise programmide võrdlus eelnevalt kokkupandud genoomijärjestuste alusel (juh. Reidar Andreson).
Maarja Lepamets, 2014. Oligomeeridel põhinevate bioinformaatiliste meetodite kasutamine bakterite määramiseks sekveneerimislugemitest (juh. Lauris Kaplinski).
Maarja Lepamets, 2013. Conus consors’i konopeptiidide geene ümbritsevate kordusjärjestuste statistiline analüüs (juh. Maido Remm ja Märt Möls).
Kairit Kolsar, 2011. Katteseemnetaimede sekveneerimisprojektid ja genoomiduplikatsioonid taimede evolutsioonis (juh. Tarmo Puurand).
Ksenia George, 2008. Mikrokiipidelt saadud geeniekspressiooni andmete analüüsimisel kasutatavad mitmese korrektsiooni meetodid (juh. Priit Palta).
Signe Kalamees, 2007. Mehepoolse viljatusega seotud geneetiliste markerite otsimine (juh. Tarmo Puurand).
Aleksander Sudakov, 2006. Genoomi signatuuri meetodi rakendamine horisontaalse geeniülekande detekteerimiseks (juh. Tõnu Margus).
Mikk Eelmets, 2006. Geenide ja eksonite piiride ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon (juh. Maido Remm).
Meelis Olev, 2005. Erinevate PCR praimerite grupeerimise efektiivsus (juh. Lauris Kaplinski).
Helle Uibokand, 2005. Automatiseeritud PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine (juh. Tõnu Margus).
Priit Palta, 2005. Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks (juh. Maido Remm).
Priit Tomson, 2005. DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks (juh. Reidar Andreson).
Heiko Kase, 2005. Markerite valiku metoodika assotsiatsioonianalüüsiks (juh. Reedik Mägi).
Taavi Võsumaa, 2004. Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel (juh. Maido Remm).
Kadi-Liina Kuusik, 2004. Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele (juh. Maido Remm).
Age Brauer [Tats], 2004. Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs (juh. Tanel Tenson ja Maido Remm).
Kessy Abarenkov, 2004 Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal (juh. Urmas Kõljalg ja Maido Remm).
Triinu Kõressaar, 2004. Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks (juh. Maido Remm).