Thesis defended in the Departement of Bioinformatics
PhD thesis
Mikk Puustusmaa – On the origin of papillomavirus proteins (Supervisors: Aare Abroi and M. Remm), 2019
Märt Roosaare – K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (Supervisor: M. Remm), 2018
Priit Palta – Computational methods for DNA copy number detection. (Supervisor: M. Remm), 2015
Silja Laht – Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices. (Supervisor: M. Remm), 2015
Lauris Kaplinski – The application of oligonucleotidehybridization model for PCR and microarray optimization. (Supervisor: M.Remm) 2013
Tõnu Margus – Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Supervisors: Tanel Tenson and Maido Remm), 2013
Triinu Kõressaar – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species. (Supervisor M.Remm) 2012
Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation. (Supervisor: M.Remm and T.Tenson) 2009
Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes. (Supervisor M.Remm) 2008
Reedik Mägi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Supervisor M.Remm) 2007
Master thesis (3+2)
Siimo Kangruoja – Detection of modified organisms from raw sequencing data using k-mers of specific length. (Supervisor: Kairi Raime), 2020
Aneth Lvovs – Detecting endogenous viral elements with parametric methods by example of endogenous bornavirus like elements. Supervisors: Aare Abroi, Heleri Kirsip, 2019
Erki Aun – K-mer-based detection of antibiotic resistance markers in bacteria Pseudomonas aeruginosa. (Supervisor: Age Brauer), 2017
Kaarel Koitne – Choosing a set of stable k-mers for Non-Invasive Prenatal Testing (Supervisor: L. Kaplinski), 2016
Mihkel Vaher – Identifying bacterial strains from unassembled sequencing reads using fixed- length oligomers. (Supervisor: M. Roosaare), 2016
Maarja Lepamets – Integration of PCR primer quality prediction into Primer3 software. (Supervisor: L.Kaplinski), 2015
Fanny-Dhelia Pajuste – A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data (Supervisor: M.Remm), 2015
Kairi Raime – Development of methodology for taxon-specific primer design and its application for detection of DNA of allergenic plant. (Supervisors: T. Kõressaar and M.Remm), 2015
Mikk Puustusmaa – Detection of E8 protein coding sequence in papillomaviruses in silico. (Supervisors: Aare Abroi, Maido Remm), 2014
Märt Roosaare – Protein domain analysis in the cone snail Conus consors (Supervisor: M. Remm), 2014
Viktorija Kukuškina – Predicting gene number and structure of sea snail Conus Consors with bioinformatic methods. (Supervisor: Lauris Kaplinski), 2013
Andres Veidenberg – DNA Copy Number Assessment and Heritage Analysis of Copy Number Variations from Genotyping Data. (Supervisor: P. Palta), 2009
Master thesis (4+2)
Taavi Võsumaa – Development of a methodology for predicting the quality of resequencing probes. (Supervisor: M. Remm) 2008
Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Supervisors: P. Peterson & T. Margus) 2008
Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Supervisor: M. Remm) 2007
Kessy Abarenkov – Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös. (Supervisors: U. Kõljalg & M. Remm) 2006
Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides. (Supervisor: M. Remm) 2006
Triinu Kõressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Supervisor: M. Remm) 2006
Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Supervisor: M. Remm) 2002
Bachelor thesis (3+2)
Andrea Jõesaar – Finding specific k-mers to identify animal species which cause food allergy. Supervisor: Reidar Andreson, 2020.
Kristina Kasvandik – K-mer based methods and their usage for masking repeat sequences. Supervisor: Reidar Andreson, 2019.
Carmen Oroperv – Evaluation of the parameters affecting sequencing coverage. Supervisor: Fanny-Dhelia Pajuste, 2019.
Marlen Timm – Calling known protein sequence altering SNVs and genotypes from human exome sequencing data by using k-mers. Supervisor: Age Brauer, 2018.
Sylvia Krupp – Human genome size evaluation with k-mer method. Supervisor: Tarmo Puurand, 2018.
Brigitta-Robin Raudne – Various pipeline analysis for virus detection. Supervisors: M.Puustusmaa and M.Vaher, 2018.
Karl Erss – Estimation of telomere length from next generation sequencing data. Supervisor: T.Puurand, 2017.
Anna Smertina – Annotation of single nucleotide variants in human genome: an overview and annotation of artefact SNVs from NGS. Supervisor: U.Gerst Talas, 2016
Madis Sarapuu – Determing the number of tandem repeats in the human Per3 gene from next generation sequencing data. Supervisors: T. Puurand, M.Teder-Laving, 2016
Triin Edula – The comparison of scaffolding programs using previously assembled genome sequences. Supervisor: Reidar Andreson, 2014
Maarja Lepamets – Oligomer-based bioinformatic methods for identifying bacteria from sequencing reads. Supervisor: Lauris Kaplinski, 2014
Maarja Lepamets – Statistical analysis of Conus consors’ conotoxin genes flanking regions. Supervisors: M. Remm, M. Möls, 2013
Kairit Kolsar – Sequencing angiosperms and whole genome duplications in plant evolution. Supervisor: T. Puurand, 2011
Signe Kalamees – Searching for the male infertility genetic markers. Supervisor: T. Puurand, 2007
Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. Supervisor: R. Anderson, 2005
Heiko Kase – Marker selection methods for association studies. Supervisor: R.Mägi, 2005
Taavi Võsumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. Supervisor M. Remm, 2004
Bachelor thesis (4+2)
Aleksander Sudakov – Implementation of genomic signature method for detection of horizontal gene transfer. (Supervisor T. Margus) 2006.a.
Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Supervisor M. Remm) 2006.a.
Meelis Olev – Grouping efficiency of different PCR primers. (Supervisor L. Kaplinski) 2005.a.
Helle Uibokand – Automated PCR primer design for bacterial genes – genome based approach. (Supervisor T. Margus) 2005.a.
Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks. (Supervisor M. Remm) 2005.a.
Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele. (Supervisor M. Remm) 2004.a.
Age Tats – Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Supervisors T. Tenson & M. Remm) 2004.a.
Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal. (Supervisors U. Kõljalg & M.Remm) 2004.a.
Triinu Kõressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks. (Supervisor M. Remm) 2004.a.Bioinformaatika õppetoolis kaitstud üliõpilaste lõputööd
Doktoritööd
Mikk Puustusmaa – On the origin of papillomavirus proteins (Juh. Aare Abroi ja M. Remm), 2019
Märt Roosaare – K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (Juh. M. Remm), 2018
Priit Palta – Computational methods for DNA copy number detection. (Juh. M. Remm), 2015
Silja Laht – Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices. (Juh. M. Remm), 2015
Lauris Kaplinski – The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and microarray optimization. (Juh. M. Remm), 2013
Tõnu Margus – Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2013
Triinu Kõressaar – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species. (Juh. M. Remm), 2012
Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation. (Juh. M.Remm ja T.Tenson), 2009
Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes. (Juh. M. Remm), 2008
Reedik Mägi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Juh. M. Remm), 2007
Magistritööd (3+2)
Siimo Kangruoja – Geneetiliselt muundatud taimede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kasutades kindla pikkusega k-meere. Juhendaja: Kairi Raime, 2020
Aneth Lvovs – Endogeensete viiruslike elementide tuvastamine parameetriliste meetoditega bornaviiruse sarnaste elementide näitel. Juhendaja: Aare Abroi, Heleri Kirsip, 2019
Erki Aun – K-meeridel põhinev antibiootikumiresistentsuse markerite tuvastamine bakteris Pseudomonas aeruginosa. Juhendaja: Age Brauer, 2017
Kaarel Koitne – Stabiilsete k-meeride hulga valimine mitteinvasiivseks sünnieelseks testimiseks. (Juh. L. Kaplinski), 2016
Mihkel Vaher – Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil. (Juh. M. Roosaare), 2016
Fanny-Dhelia Pajuste – A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data. (Juh. M. Remm), 2015
Maarja Lepamets – PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse. (Juh. L. Kaplinski), 2015
Mikk Puustusmaa – Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico. (Juh. A. Abroi, M. Remm), 2014
Märt Roosaare – Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors. (Juh. M. Remm), 2014
Viktorija Kukuškina – Mereteo Conus consors geenide arvu ja struktuuri ennustamine bioinformaatiliste meetoditega. (Juh. L. Kaplinski), 2013
Andres Veidenberg – DNA koopiaarvu määramine ja koopiaarvu muutuste pärandumise uurimine genotüpiseerimiskiipide andmete põhjal. (Juh. P. Palta), 2009
Magistritööd (4+2)
Taavi Võsumaa -Metoodika resekveneerimisproovide kvaliteedi ennustamiseks. (Juh. M. Remm), 2008
Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Juh. P. Peterson ja T. Margus), 2008
Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Juh. M. Remm), 2007
Kessy Abarenkov – Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2006
Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides. (Juh. M. Remm), 2006
Triinu Kõressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Juh. M. Remm), 2006
Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Juh. M. Remm), 2002
Bakalaureusetööd (3+2)
Andrea Jõesaar – Spetsiifiliste k-meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseks. Juh. Reidar Andreson, 2020.
Kristina Kasvandik – K-meeridel põhinevad meetodid ja nende kasutamine kordusjärjestuste maskeerimisel. Juhendaja Reidar Andreson, 2019.
Carmen Oroperv – Katvust mõjutavate parameetrite hindamine. Juh. Fanny-Dhelia Pajuste, 2019.
Marlen Timm – Inimese eksoomis leiduvate valgujärjestust muutvate teadaolevate SNVde võimalik tuvastamine ja genotüübi määramine sekveneerimisandmetest k-meeride abil. Juh. Age Brauer, 2018
Sylvia Krupp – Inimese genoomi suuruse määramine k-meer metoodikaga. Juh. Tarmo Puurand, 2018.
Brigitta-Robin Raudne – Erinevate töövoogude analüüs viiruste tuvastamisel. Juh. M.Puustusmaa ja M.Vaher, 2018.
Karl Erss – Telomeeride keskmise pikkuse hindamine teise generatsiooni sekveneerimisandmetest. Juh. T.Puurand, 2017.
Anna Smertina – Inimgenoomi ühenukleotiidsete variatsioonide annotatsioon – ülevaade põhimõtetest ning teise põlvkonna sekveneerimise võimalike artefaktsete SNVde annoteerimine. Juh. U.Gerst Talas, 2016
Madis Sarapuu – Inimese Per3 geeni tandeemse korduse koopiaarvu määramine teise põlvkonna sekveneerimisandmetest. Juh. T. Puurand, M.Teder-Laving, 2016
Triin Edula – Raamjärjestamise programmide võrdlus eelnevalt kokkupandud genoomijärjestuste alusel. Juh. R. Andreson, 2014
Maarja Lepamets – Oligomeeridel põhinevate bioinformaatiliste meetodite kasutamine bakterite määramiseks sekveneerimislugemitest. Juh. L. Kaplinski, 2014
Maarja Lepamets – Conus consors’i konopeptiidide geene ümbritsevate kordusjärjestuste statistiline analüüs. Juh. M. Remm, M. Möls, 2013
Kairit Kolsar – Katteseemnetaimede sekveneerimisprojektid ja genoomiduplikatsioonid taimede evolutsioonis. Juh. T. Puurand, 2011
Signe Kalamees – Mehepoolse viljatusega seotud geneetiliste markerite otsimine. Juh. T. Puurand, 2007
Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. Juh. R. Anderson, 2005
Heiko Kase – Markerite valiku metoodika assotsiatsioonianalüüsiks. Juh. R. Mägi, 2005
Taavi Võsumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. Juh. M. Remm, 2004
Bakalaureusetööd (4+2)
Aleksander Sudakov – Genoomi signatuuri meetodi rakendamine horisontaalse geeniülekande detekteerimiseks. (Juh. T. Margus), 2006
Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Juh. M. Remm), 2006
Meelis Olev – Erinevate PCR praimerite grupeerimise efektiivsus. (Juh. L. Kaplinski), 2005
Helle Uibokand – Automatiseeritud PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine. (Juh. T. Margus), 2005
Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks. (Juh. M. Remm), 2005
Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele. (Juh. M. Remm), 2004
Age Tats – Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2004
Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2004
Triinu Kõressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks. (Juh. M. Remm), 2004