Uurimisteemad

1. DNA-PÕHISED DIAGNOSTILISED TESTID
Oleme oma uurimisgrupis juba rohkem kui 10 aastat uurinud DNA ahelate omavahelist paardumist ja DNA ahela pikenemist polümeraasi ahelreaktsiooniga (PCRiga). DNA ahelate paardumine on aluseks paljudele molekulaarbioloogilistele meetoditele, seetõttu on oluline mõista ja ennustada milline DNA järjestus võib teistega paarduda ja kuidas see protsess täpselt realiseerub. Meie tegevus hõlmab DNA paardumise biokeemilist modelleerimist ja vastava tarkvara kirjutamist. Meie töörühm on laialt levinud praimerite disainimise programmi Primer3 üks peamistest arendajatest.
Untitled1Meie DNA-DNA paardumise alased teadmised leiavad praktikas kasutamist mitemesuguste molekulaarsete testide näol. Näiteks oleme me aidanud luua diagnostilisi teste haigustekitajate avastamiseks patsientide proovidest (Quattromed HTI) ja hetkel arendame teste toidus leiduvate allergeenide avastamiseks.

2. GENOOMIDE JÄRJESTUSE MÄÄRAMINE
Bakterigenoomide järjestamine on oluline uute DNA-põhiste testide arendamiseks ja samuti genoomi varieeruvuse tundmaõppimiseks. Oleme TÜMRI geneetika töörühma teadlastel aidanud kokku panna uue fenooli lagundava Limnobacter perekonna bakteriliigi genoomi. Hetkel osaleme projektides, kus otsitakse atimikroobsete ainete resistentsuse eest vastutavaid geene bakterigenoomide.

3. INIMESTE PERSONAALSETE GENOOMIDE ERINEVUSE KIRJELDAMINE
Uurime Alu-kordusjärjestusi ning DNA viirusi, mis võivad inimeste genoomidesse siseneda ja selle kaudu haigusi tekitada. Alu kordused on 300 nukleotiidi pikkused järjestused, mida on inimese genoomis ca 1 miljon. Mõned neist kordusjärjestustest on võimelised aeg-ajalt aktiveeruma ja genoomis uude kohta ümber paiknema. Uurime kui palju on selliseid aktiivseid Alu-kordusi ja kuidas neid arvuti abil genoomide järjestustest paremini avastada.

Untitled2