ANDMEANALÜÜS MOLEKULAARBIOLOOGIAS

LOMR.10.007

Vastutav läbiviija: Maido Remm

2018

Töökorraldus:

Hinne kujuneb 100% eksamil saadud punktidest.

 

Loengud:

Loengud toimuvad esmaspäeviti kell 12 Riia 23 auditooriumis 217.

 

Praktikumid:

Iga nädal toimub kaks sama sisuga praktikumi, kus harjutatakse praktilisi oskusi tabelarvutusprogrammide ning veebis asuvate programmidega.

Kes soovib, võib käia oskuste kinnistamiseks ning täiendavate küsimuste küsimiseks mõlemas praktikumis.

Peamiseks tarkvaraks on Excel või LibreOffice.

 

Eksamid:

Eksamil on nii teoreetilised küsimused kui praktilised ülesanded, vajalik arvuti olemasolu.

Eksamil vajalikud praktilised oskused (viimati uuendatud 14.02.2018).

Korduseksam toimub 10.mai 2018 kell 10.15

 

Hindamissüsteem:

Eksami eest on võimalik saada maksimaalselt 100 punkti.

Lisapunkte on võimalik saada sisuliste küsimuste küsimise eest loengus (maksimaalselt 1 punkt inimese kohta igas loengus).

Hindamine toimub punktide alusel:

0-50 = F

51-60 = E

61-70 = D

71-80 = C

81-90 = B

91-100 = A

 

Ajakava ja loengute teemad:

1. nädal (12.02 – 14.02)

Statistika vajalikkusest

Andmete hajuvuse kirjeldamine

Histogramm ja karpdiagramm

Keskväärtus, mood, mediaan, kvantiilid, kvartiilid, protsentiilid

Loengu fail: AMB_Loeng1_andmed.pdf

Praktikumi slaidid: AMB_Praktikum1.pdf

Praktikumi andmed: Isiksuse_andmestik.txt

 

Teema mõistmisel on abiks kui loete järgnevaid materjale:

Peatükk 1: „Statistics and Probability Are Not Intuitive“

Peatükk 2: „Why Statistics Can Be Hard to Learn“

Peatükk 7: „Graphing Continuous Data“

Peatükk 8: "Types of Variables"

Peatükk 9: "Quantifying Scatter"

 

2. nädal (19.02 – 21.02)

Normaaljaotus ja selle kasutamine usaldusintervallide leidmiseks
Usaldusintervallide leidmine keskväärtuse hindamisel (pidev tunnus)

Usaldusintervallide leidmine keskväärtuse hindamisel (binaarne tunnus)

Loengu fail:  AMB_Loeng2_usalduspiirid.pdf

Praktikumi slaidid: AMB_Praktikum2.pdf

Praktikumi andmed: AMB_Praktikum2.xlsx, AMB_Praktikum2.ods

 

Teema mõistmisel on abiks kui loete:

Peatükk 10: „The Gaussian Distribution“

Peatükk 12: "Confidence Interval of a Mean"

Peatükk   4: “Confidence Interval of a Proportion”

Peatükk 13: "The Theory of Confidence Intervals"

Peatükk 14: "Error Bars"

 

3. nädal (26.02 – 28.02)

Hüpoteeside testimise üldised põhimõtted

P-väärtuse mõiste ja efekti suuruse mõiste

 

Teema mõistmisel on abiks kui loete:

Peatükk 15: „Introducing P-Values“

Peatükk 16: „Statistical Significance and Hypothesis Testing“

Loengu fail:  AMB_Loeng3_hüpoteeside_testimine.pdf

Praktikumi slaidid: AMB_Praktikum3.pdf

Praktikumi andmed: AMB_Praktikum3.xlsx, AMB_Praktikum3.ods

 

 

4. nädal (05.03 – 07.03)

Kahe katse keskväärtuste erinevuse testimine (t-test)

Proportsioonide erinevuse testimine (hiiruut-test ja Fisheri täpne test)

Teema mõistmisel on abiks kui loete:

Peatükk 30: "Comparing Two Means: Unpaired t Test"

Peatükk 31: "Comparing Two Paired Groups"

Peatükk 26: "Comparing Observed and Expected Distributions"

Peatükk 27: "Comparing Proportions: Prospective and Experimental Studies"

Peatükk 28: "Comparing Proportions: Case-Control Studies"

Loengu fail:  AMB_Loeng4_gruppide_erinevused.pdf

Praktikumi slaidid: AMB_Praktikum4.pdf

Praktikumi andmed: AMB_Praktikum4.xlsx

 

 

5. nädal (12.03 – 14.03)

Korrelatsioon ja regressioon

Mitmene regressioon ja statistiline modelleerimine

Teema mõistmisel on abiks kui loete:

Peatükk 32: „Correlation“

Peatükk 33: „Simple Linear Regression“

Peatükk 34: „Introducing Models“

Loengu fail:   AMB_Loeng5_korrelatsioon.pdf

Praktikumi slaidid: AMB_Praktikum5.pdf

Praktikumi andmed: AMB_Praktikum5.xlsx

 

 

6. nädal (19.03 – 21.03)

E Proovieksam 12-14, ruumis 217

T ja K kell 12-14 Riia 23-218

Toimub lisapraktikum proovieksami küsimuste üle vaatamiseks olemasolevate oskuste treenimiseks ja harjutamiseks

Uut materjali juurde ei võeta, mõelge omalt poolt välja küsimused ja teemad, mida soovite harjutada

 

7. nädal

I Eksam: 26.03 14.15-16.00, ruumis 105

 

8. nädal

II Eksam: 03.04 12.15-14.00, ruumis 105

 

Üks korduseksam aprillikuus

NB!

Korduseksamile võtan ainult läbikukkunud või eksamile mitteilmunud üliõpilasi.

Õppekorralduseeskiri lubab korduseksamit sooritada vaid 1 kord semestri jooksul. Seega valige korduseksamiks aeg mis teile hästi sobib ja valmistuge eksamiks korralikult.

 

 

Õppematerjalid:

 

Peamine õppematerjal on raamat:

Motulsky: Intuitive Biostatistics: A Nonmathematical Guide to Statistical Thinking (2009)

Kellel pole võimalik isiklikku õppematerjali soetada saab lugeda skaneeritud versiooni:

http://bioinfo.ut.ee/AMB/AMB_LOMR.10.007/

Kataloogi saab näha kasutaja ja salasõnaga:

(kursus:amb2013)

 

OpenOffice ja LibreOffice kasutajatele:

Statistika funktsioonide pakett OOoStat Help

 

Lingid on-line tööriistadele

Proportsioonide (protsentide) usalduspiiride arvutamine:

http://www.graphpad.com/quickcalcs/confInterval1/

 

Fisheri täpne test:

http://www.langsrud.com/fisher.htm

http://www.graphpad.com/quickcalcs/contingency1.cfm

http://www.quantitativeskills.com/sisa/statistics/fisher.htm

 

Spearmani astak-korrelatsiooni test:

http://www.wessa.net/rankcorr.wasp

 

Korrelatsioonikordaja olulisuse testimine:

http://www.graphpad.com/quickcalcs/PValue1.cfm

 

 

Veel kasulikku lugemist:

Raamat Andres Kiviste: Matemaatiline Statistika MS Exceli keskkonnas (2007)

Raamat Ene-Margit Tiit, Märt Möls: Rakendusstatistika lühikursus (1997)

Sarnane loengukursus ökoloogidele: Toomas Tammaru, Katseandmete analüüs

 

Raamat Bremer and Doerge: Statistics at the Bench. A Step-by-Step Handbook for Biologists (2010)

Raamat Neil J. Salkind: Statistics for People Who Think They Hate Statistics: The Excel 2007 Edition (2009)

Veebis on hea lihtne õpik algajatele leheküljel onlinestatbook.com