Student theses

Thesis defended in the Departement of Bioinformatics


PhD thesis

Lauris Kaplinski - The application of oligonucleotidehybridization model for PCR and microarray optimization. (Supervisor: M.Remm) 2013.a.

Tõnu Margus -  Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Supervisors: Tanel Tenson ja Maido Remm), 2013.a.

Triinu Kõressaar  – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species. (Supervisor M.Remm) 2012.a.

Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation. (Supervisor: M.Remm ja T.Tenson) 2009.a.

Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes. (Supervisor M.Remm) 2008.a.

Reedik Mägi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Supervisor M.Remm)  2007.a.


Master thesis (3+2)

Mikk Puustusmaa - Detection of E8 protein coding sequence in papillomaviruses in silico. (Supervisors: Aare Abroi, Maido Remm), 2014.a.

Märt Roosaare - Protein domain analysis in the cone snail Conus consors (supervisor: M. Remm) 2014.a.

Viktorija Kukuškina – Predicting gene number and structure of sea snail Conus Consors with bioinformatic methods. (Supervisor: Lauris Kaplinski) 2013.a.

Andres Veidenberg - DNA Copy Number Assessment and Heritage Analysis of Copy Number Variations from Genotyping Data. (Supervisor P. Palta) 2009.a.


Master thesis (4+2)

Taavi Võsumaa - Development of a methodology for predicting the quality of resequencing probes. (Supervisor M. Remm) 2008.a.

Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Supervisors P. Peterson & T. Margus) 2008.a.

Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Supervisor M. Remm) 2007.a.

Kessy Abarenkov – Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös. (Supervisors U. Kõljalg & M. Remm) 2006.a.

Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides. (Supervisor M. Remm) 2006.a.

Triinu Kõressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Supervisor M. Remm) 2006.a.

Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Supervisor M. Remm) 2002.a.


Bachelor thesis (3+2)

Triin Edula - The comparison of scaffolding programs using previously assembled genome sequences. (Supervisor: Reidar Andreson), 2014.a.

Maarja Lepamets - Oligomer-based bioinformatic methods for identifying bacteria from sequencing reads. (Supervisor: Lauris Kaplinski), 2014.a.

Maarja Lepamets - Statistical analysis of Conus consors’ conotoxin genes flanking regions. (Supervisors M. Remm, M. Möls) 2013.a.

Kairit Kolsar – Sequencing angiosperms and whole genome duplications in plant evolution (Supervisor T. Puurand) 2011.a.

Signe Kalamees – Searching for the male infertility genetic markers. (Supervisor T. Puurand) 2007.a.

Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. (Supervisor R. Anderson) 2005.a.

Heiko Kase – Marker selection methods for association studies. (Supervisor R.Mägi) 2005.a.

Taavi Võsumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. (Supervisor M. Remm) 2004.a.


Bachelor thesis (4+2)

Aleksander Sudakov - Implementation of genomic signature method for detection of horizontal gene transfer. (Supervisor T. Margus) 2006.a.

Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Supervisor M. Remm) 2006.a.

Meelis Olev – Grouping efficiency of different PCR primers. (Supervisor L. Kaplinski) 2005.a.

Helle Uibokand – Automated PCR primer design for bacterial genes – genome based approach. (Supervisor T. Margus) 2005.a.

Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks. (Supervisor M. Remm) 2005.a.

Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele. (Supervisor M. Remm) 2004.a.

Age Tats – Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Supervisors T. Tenson & M. Remm) 2004.a.

Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal. (Supervisors U. Kõljalg & M.Remm) 2004.a.

Triinu Kõressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks. (Supervisor M. Remm) 2004.a.