Kaitstud lõputööd

Bioinformaatika õppetoolis kaitstud üliõpilaste lõputööd


Doktoritööd

Priit Palta – Computational methods for DNA copy number detection. (Juh. M. Remm), 2015.a.

Silja Laht – Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices. (Juh. M. Remm), 2015.a.

Lauris Kaplinski - The application of oligonucleotidehybridization model for PCR and microarray optimization. (Juh. M. Remm), 2013.a.

Tõnu Margus -  Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2013.a.

Triinu Kõressaar  – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species. (Juh. M. Remm), 2012.a.

Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation. (Juh. M.Remm ja T.Tenson), 2009.a.

Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes. (Juh. M. Remm), 2008.a.

Reedik Mägi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Juh. M. Remm),  2007.a.


Magistritööd (3+2)

Kaarel Koitne – Stabiilsete k-meeride hulga valimine mitteinvasiivseks sünnieelseks testimiseks. (Juh. L. Kaplinski), 2016.a.

Mihkel Vaher – Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil. (Juh. M. Roosaare), 2016.a.

Fanny-Dhelia Pajuste – A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data. (Juh. M. Remm), 2015.a.

Maarja Lepamets – PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse. (Juh. L. Kaplinski), 2015.a.

Mikk Puustusmaa - Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico. (Juh. A. Abroi, M. Remm), 2014.a.

Märt Roosaare - Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors. (Juh. M. Remm), 2014.a.

Viktorija Kukuškina – Mereteo Conus consors geenide arvu ja struktuuri ennustamine bioinformaatiliste meetoditega. (Juh. L. Kaplinski), 2013.a.

Andres Veidenberg – DNA koopiaarvu määramine ja koopiaarvu muutuste pärandumise uurimine genotüpiseerimiskiipide andmete põhjal. (Juh. P. Palta), 2009.a.


Magistritööd (4+2)

Taavi Võsumaa -Metoodika resekveneerimisproovide kvaliteedi ennustamiseks. (Juh. M. Remm), 2008.a.

Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Juh. P. Peterson ja T. Margus), 2008.a.

Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Juh. M. Remm), 2007.a.

Kessy Abarenkov – Seeneliikide määramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimustöös. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2006.a.

Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused kõrge ekspressioonitasemega geenides. (Juh. M. Remm), 2006.a.

Triinu Kõressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Juh. M. Remm), 2006.a.

Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite võrdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Juh. M. Remm), 2002.a.


Bakalaureusetööd (3+2)

Anna Smertina – Inimgenoomi ühenukleotiidsete variatsioonide annotatsioon – ülevaade põhimõtetest ning teise põlvkonna sekveneerimise võimalike artefaktsete SNVde annoteerimine. (Juh. U.Gerst Talas), 2016.a.

Madis Sarapuu – Inimese Per3 geeni tandeemse korduse koopiaarvu määramine teise põlvkonna sekveneerimisandmetest. (Juh. T. Puurand, M.Teder-Laving), 2016.a.

Triin Edula - Raamjärjestamise programmide võrdlus eelnevalt kokkupandud genoomijärjestuste alusel. (Juh. R. Andreson), 2014.a.

Maarja Lepamets - Oligomeeridel põhinevate bioinformaatiliste meetodite kasutamine bakterite määramiseks sekveneerimislugemitest. (Juh. L. Kaplinski), 2014.a.

Maarja LepametsConus consors’i konopeptiidide geene ümbritsevate kordusjärjestuste statistiline analüüs. (Juh. M. Remm, M. Möls), 2013.a.

Kairit Kolsar – Katteseemnetaimede sekveneerimisprojektid ja genoomiduplikatsioonid taimede evolutsioonis. (Juh. T. Puurand), 2011.a.

Signe Kalamees – Mehepoolse viljatusega seotud geneetiliste markerite otsimine. (Juh. T. Puurand), 2007.a.

Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti mõjutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. (Juh. R. Anderson), 2005.a.

Heiko Kase – Markerite valiku metoodika assotsiatsioonianalüüsiks. (Juh. R. Mägi), 2005.a.

Taavi Võsumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. (Juh. M. Remm), 2004.a.


Bakalaureusetööd (4+2)

Aleksander Sudakov – Genoomi signatuuri meetodi rakendamine horisontaalse geeniülekande detekteerimiseks. (Juh. T. Margus), 2006.a.

Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Juh. M. Remm), 2006.a.

Meelis Olev – Erinevate PCR praimerite grupeerimise efektiivsus. (Juh. L. Kaplinski), 2005.a.

Helle Uibokand – Automatiseeritud PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomipõhine lähenemine. (Juh. T. Margus), 2005.a.

Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu määramiseks. (Juh. M. Remm), 2005.a.

Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain kõikidele inimese genoomi SNP-dele. (Juh. M. Remm), 2004.a.

Age Tats – Valkude translatsiooni mõjutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2004.a.

Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS järjestuste põhjal. (Juh. U. Kõljalg ja M. Remm), 2004.a.

Triinu Kõressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite kättesaamiseks. (Juh. M. Remm), 2004.a.